Laboratoř Van de Plas nabízí pozice PhD v oblasti zpracování signálů a strojového učení pro multimodální zobrazování za účelem vytvoření 3D molekulárních atlasů lidské tkáně. Pozice se speciálně zaměřují na spektrální zobrazovací modality, jako je zobrazovací hmotnostní spektrometrie a multiplexní imunofluorescenční mikroskopie, a také na výjimečně velká a vysokorozměrná data.
Naše laboratoř se nachází na Delft University of Technology (TU Delft) v Nizozemsku a je součástí Delft Center for Systems and Control. Náš výzkum leží na rozhraní mezi (i) matematickým inženýrstvím a strojovým učením; (ii) analytická chemie a přístrojové vybavení; a (iii) vědy o živé přírodě a lékařství. Zkoumáme nové způsoby získávání, zpracování a těžby masivních (multiterabajtových) datových sad, které běžně poskytují zobrazovací hmotnostní spektrometrie a další molekulární zobrazovací modality.
Výzkumná témata zájmu pro tyto pozice zahrnují:
- Zpracování signálu (např. odstranění šumu, automatická detekce funkcí atd.);
- Snížení a transformace rozměrů (např. Fourierovy a vlnkové transformace, učení slovníku atd.);
- Rozpoznávání vzorů a faktorizace ve velkých souborech dat (např. nezáporná maticová/tensorová faktorizace atd.);
- Strojové učení pod dohledem, částečně pod dohledem a bez dohledu (např. vícerozměrná regrese, klasifikace tumor/absces, mnohočetné učení atd.);
- Matematická optimalizace a přelévání problémů v biologii do počítačem řešitelné formy (např. konvexní optimalizace, automatizovaná anatomická interpretace);
- Datové dolování napříč různými zobrazovacími senzory a technologiemi (např. datově řízená multimodální fúze obrazu).
Naše laboratoř má silnou síť mezinárodních spolupracovníků z akademické i průmyslové sféry. Mezi spolupracovníky patří partneři z oblasti chemie a přístrojů, jako je Mass Spectrometry Research Center, Caprioli lab a Spraggins lab na Vanderbilt University (Nashville, TN, U. S. A.), stejně jako partneři z oblasti medicíny a biologie, jako je laboratoř Swinnen na Dept. Onkologie Fakultní nemocnice KU Leuven (Leuven, Belgie).
Budete mít příležitost zúčastnit se jednoho nebo více našich probíhajících multidisciplinárních výzkumných projektů:
- Dva projekty v rámci programu Human BioMolecular Atlas Program (HuBMAP) Národního institutu zdraví Spojených států, jehož cílem je vytvořit 3D molekulární atlas lidského těla v rozlišení jedné buňky. Jeden projekt se zaměřuje na lidské ledviny, zatímco druhý zkoumá lidské oko a slinivku břišní. Oba projekty jsou v úzké spolupráci s Vanderbilt University (Nashville, TN, U. S. A.).
- Dva projekty Národního institutu zdraví o molekulárním zobrazování mikrobiálních komunit a infekčních chorob ve spolupráci s Vanderbilt University Medical Center (Nashville, TN, USA).
- SMART BRAIN, projekt FLAG-ERA JTC ve spolupráci s University of Modena a Reggio Emilia (Itálie), jehož prostřednictvím je naše laboratoř přidruženým členem vlajkové lodi evropského projektu Human Brain Project.
Požadavky:
Uchazeči by měli mít:
- Magisterský titul v příslušném oboru, tj. Inženýrství, Informatika, Systémy a řízení, Statistika, Výpočetní fyzika nebo jakákoli oblast související s tématy výzkumu v laboratoři.
- Zázemí v oblasti zpracování obrazu a signálu, strojového učení, numerické analýzy nebo statistiky.
- Silná motivace pracovat v multidisciplinárním prostředí a komunikovat se spolupracovníky v medicíně, biologii, chemii a fyzice je zásadní.
- Vyžaduje se dobrá znalost angličtiny.
Zkušenosti s hmotnostní spektrometrií, chemií nebo biotechnologií jsou výhodou.
Doktorát na TU Delft vyžaduje znalost angličtiny na určité úrovni, aby bylo zajištěno, že kandidát bude schopen dobře komunikovat a komunikovat, účastnit se kurzů doktorského vzdělávání vyučovaných v angličtině a psát vědecké články a závěrečnou práci. Pro více podrobností si prosím přečtěte požadavky na přijetí na postgraduální školy.
Platové výhody:
Uchazečům o doktorském studiu bude v zásadě nabídnuto 4leté období zaměstnání, ale ve formě 2 pracovních smluv. Počáteční 1,5letá smlouva s oficiálním vyhodnocením pokroku do 15 měsíců. Následuje dodatečná smlouva na zbývajících 2, 5 let za předpokladu, že vše půjde dobře a budou splněny požadavky na výkon.
Plat a benefity jsou v souladu s Kolektivní pracovní smlouvou pro holandské univerzity a zvyšují se z 2443 EUR měsíčně v prvním roce na 3122 EUR ve čtvrtém roce. Jako doktorand budete zapsáni na TU Delft Graduate School. TU Delft Graduate School poskytuje inspirativní výzkumné prostředí s vynikajícím týmem supervizorů, akademických pracovníků a mentorů. Doktorský vzdělávací program je zaměřen na rozvoj vašich přenositelných, oborově souvisejících a výzkumných dovedností.
TU Delft nabízí přizpůsobitelný kompenzační balíček, slevy na zdravotní pojištění a sportovní členství a měsíční příspěvek na pracovní náklady. Lze dohodnout flexibilní pracovní dobu. Pro mezinárodní žadatele nabízíme službu Coming to Delft a partnerské kariérní poradenství, které vám pomůže s vaším přemístěním.
Pracovní doba:
36 – 40 hodin týdně
Adresa:
Mekelweg 2
