Chromatin je nezbytným strážcem a strážcem genomu, řídí expresi genů a opravuje poškození DNA. Hledáme vysoce motivovaného doktoranda, který se připojí k našemu výzkumnému úsilí, aby porozuměl interakci mezi proteiny a nukleozomy a jak to řídí funkci chromatinu.
Snad nejvíce fascinující třídou proteinů, které vážou nukleozomy, jsou průkopnické transkripční faktory, které vážou specifické sekvence DNA v uzavřeném chromatinu, podporují otevírání chromatinu a aktivují umlčené geny. Průkopnické faktory mohou řídit změny v buněčné identitě a používají se při přeprogramování buněk. Jak tyto faktory fungují na molekulární úrovni a mohou podporovat otevírání nukleozomů, není dosud jasné. V tomto projektu budete studovat strukturální dynamiku genomových nukleozomů a jejich interakci s průkopnickými faktory Sox2.
Na této pozici PhD budete rekonstituovat nukleozomy obsahující sekvence genomové DNA, na které se Sox2 zaměřuje v buňkách. Budete studovat strukturální dynamiku těchto nukleozomů a interakci se Sox2 pomocí integrativního přístupu řízeného NMR k odvození molekulárního mechanismu funkce průkopnického faktoru Sox2. Vzhledem k vnitřní dynamice v genomovém nukleozomu i Sox2 je NMR ideální pro studium jejich strukturální dynamiky a pro pochopení toho, jak se Sox2 váže a ovlivňuje nativní cílové nukleozomy při atomovém rozlišení. Lepší pochopení funkce Sox2 pomůže bojovat proti její roli při rakovině a vyvinout lepší přeprogramovací faktory pro regenerační terapie.
Projekt zahrnuje biochemii, biofyzikální testy a strukturní a dynamickou charakterizaci pomocí NMR a dalších technik, což vám umožní stát se všestranným strukturálním biologem, odborníkem na chromatin a NMR. Projekt je ve spolupráci se skupinami Abdenour Soufi (University of Edinburgh, buněčná biologie průkopnických faktorů), John van Noort (Leiden University, dynamika jedné molekuly) a Vlad Cojocaru (Utrecht University, simulace molekulární dynamiky).
Požadavky:
Hledáme někoho, kdo nedávno dokončil nebo brzy dokončí magisterské studium a který uznává jednu nebo více následujících dovedností: Jste sociální týmový hráč, jste zvědaví a vynalézaví a jste kreativní při hledání řešení. S sebou:
- a Magisterský titul (nebo ekvivalent) v oboru biochemie, biofyzika, molekulární biologické vědy nebo podobný program. Pokud jste během několika měsíců od dokončení magisterského titulu, vítáme vás, abyste se přihlásili! V přihlášce prosím uveďte, kdy pravděpodobně budete maturovat;
- fascinace vztahem mezi proteinovou strukturou, dynamikou a funkcí;
- silné pozadí v práci s rekombinantními proteiny (bakteriální exprese, purifikace založená na chromatografii) a PCR;
- zkušenosti s NMR nejsou vyžadovány, ale jsou výhodou.
Platové výhody:
- Pozice na 4 roky;
- Hrubá mzda na plný úvazek začínající na 2 541 EUR a zvyšující se na 3 247 EUR (škála P Kolektivní pracovní smlouva holandských univerzit).
- 8% bonus na dovolenou a 8,3% bonus na konec roku;
- Penzijní systém, částečně placená rodičovská dovolená a flexibilní pracovní podmínky založené na kolektivní pracovní smlouvě holandských univerzit.
Kromě pracovních podmínek stanovených v CAO pro holandské univerzity má Utrechtská univerzita řadu vlastních opatření. Existují například dohody o profesním rozvoji, uspořádání dovolené a sportu. Také vám dáváme možnost rozšířit si podmínky zaměstnání prostřednictvím Modelu výběru pracovních podmínek. Tímto bychom vás rádi povzbudili k dalšímu růstu.
Pracovní doba:
38 – 40 hodin týdně
Adresa:
Heidelberglaan 8
